Hoe kun je bijdragen aan het COVID-19 onderzoek in 3 stappen?

In slecht 3 simpele stappen kun jij het verschil maken om, onderzoekers over de hele wereld, te helpen de wereldwijde strijd tegen COVID-19 aan te gaan.
Folding at home (FAH of F @ h) is een verdeeld computerproject voor onderzoek naar ziekten dat eiwitvouwing, computationeel medicijnontwerp en andere soorten moleculaire dynamica simuleert. Het project gebruikt inactieve bronnen van pc's en laptops die eigendom zijn van vrijwilligers van over de hele wereld. Duizenden mensen dragen bij aan het succes van dit project.
Voor contact ben ik te bereiken op shawn@shawnvanderveer.com

Om ook te bijdragen aan het onderzoek, heb je slechts twee dingen nodig:

  • dit artikel
  • een computer (of laptop)
  • 5 minuten van je tijd (inclusief stappenplan)

Stap 1

Zoek op Google naar "Folding at home" en klik op Start folding of klik op deze link.

Vervolgens download je de gratis applicatie fah-installer_7.5.1_x86.exe en installeer je het programma.

Stap 2

Als de Installatie klaar is, zal de applicatie je doorleiden naar de webclient van Folding at Home. Zo niet kun je daar voor hier terecht.

Deze overzichtelijke webclient is vanzelfsprekend. Toch leg ik voor de duidelijkheid uit wat wat is.

Bij het kopje "Power" heb je een slider waar je kunt aangeven hoeveel je van je processorkracht wilt uitlenen. Daarnaast heb je de keuze om te kiezen om het folding proces te laten runnen wanneer de computer niets anders aan het doen is, of terwijl de computer tussendoor taken uitvoert.

In de rechter kolom staat voor welk project het folding proces actief is.

Links boven in bij "Anonymus" is aangegeven wat de gebruikersnaam is. Dit is optioneel om in te voeren, maar in het geval dat jij punten wilt bijhouden, kun je een passkey aanvragen.

Stap 3 Passkey (Optinoneel)

Een passkey aanvragen doe je hier.

Je vult jouw gebruikersnaam en e-mailadress in en je ontvangt een bericht met jouw gegevens.

Vervolgens vul je jouw gebruikersnaam en passkey bij het kopje "Change Identity" in de webclient.

Je kunt optioneel een team nummer toevoegen. In dit voorbeeld vul ik 225605 in, wat betekend dat ik mij aansluit bij het team van PCMR.

Stap 4 Start Folding

Je bent nu helemaal klaar om je computer kracht uit te lenen om onderzoekers over de hele wereld te helpen de wereldwijde strijd tegen COVID-19 aan te gaan.

Informatie over het foldingproject

Na de eerste kwaliteitscontrole en beperkte testfasen heeft het Folding at home-team een ​​eerste golf van projecten vrijgegeven die potentieel voor medicijnen geschikte eiwitdoelen simuleren van SARS-CoV-2 (het virus dat COVID-19 veroorzaakt) en het gerelateerde SARS-CoV-virus (waarvoor meer belangrijke gegevens beschikbaar zijn) tot volledige productie op Folding at home. Veel dank aan het grote aantal Folding at home-donoren die ons tot nu toe hebben geholpen met bèta- of geavanceerde modi.

Deze eerste golf van projecten is gericht op een beter begrip van hoe deze coronavirussen interageren met de menselijke ACE2 receptor die nodig is voor virale toegang tot menselijke gastheer cellen, en hoe onderzoekers ze zouden kunnen verstoren door het ontwerp van nieuwe therapeutische antilichamen of kleine moleculen die hun interactie zouden kunnen verstoren.

We hopen de komende dagen te kunnen profiteren van enkele van de nieuwe structurele biologie en biochemische gegevens die wordt snel vrijgegeven, door onderzoekers over de hele wereld, die eraan werken om deze virussen en strategieën te begrijpen. Dit werk is grotendeels verspreid door preprint-servers zoals bioRxiv en chemRxiv, die tot doel hebben het onderzoek snel beschikbaar te maken voor zowel andere onderzoekers als het publiek, zodat andere wetenschappers het breed kunnen beoordelen en onmiddellijk kunnen voortbouwen. FAH zijn ook verschillende nieuwe samenwerkingen aangegaan met andere laboratoria waar we hopen dat FAH waardevolle ondersteuning zal bieden bij COVID-19 onderzoeksinspanningen.

Terwijl FAH de simulatiedatasets snel zullen vrijgeven voor anderen om te gebruiken of te analyseren, streeft FAH naar alternatieve conformaties en verborgen zakken binnen de meest veelbelovende medicijndoelen, die alleen te zien zijn in simulatie en niet in statische röntgenstructuren. FAH hoopt dat deze structuren - eens gevalideerd door opkomende samengestelde screeningsgegevens - zouden kunnen helpen bij het sturen van de virtuele screeningscampagnes of het richten op nieuwe ruimtes waarvoor nog geen atomistische structuren beschikbaar waren.

Hieronder geeft FAH een korte beschrijvingen van de projecten. Merk op dat alle invoerbestanden hier op GitHub beschikbaar worden gesteld, zodat andere onderzoekers hier van kunnen:  

https://github.com/foldingathome/coronavirus

Deze repository zal de komende dagen evolueren naarmate FAH meer projecten en documentatie toevoegen. FAH zal beginnen met het plaatsen van datasets met structuren op openbaar beschikbare servers zodra er nuttige gegevens zijn om te rapporteren.

Alle projecten gebruiken de nieuwe GPU-versnelde Core22 op basis van de open source OpenMM biomoleculaire simulatie-engine.